予勒保经略大臣的职务，使其能够统一指挥川、楚、陕、甘、豫五省的军务。勒保根据叛军在四川的分布情况，决定暂时驻扎在梁山、大竹等地指挥作战。

在勒保的领导下，清军迅速击败了叛军的主要力量。到了四月，徐天德、龙绍周、龚建、樊人杰及张子聪等叛军纷纷溃逃至开县东部。六月，叛军企图进入陕西，但被勒保派兵阻击。七月，勒保指挥下的清军在云阳歼灭了蓝号包正洪的部队，并在随后的几个月里接连击败了其他几股叛军，使叛乱形势逐渐得到控制。

然而，正当勒保在前线奋战时，他却因治饷问题遭受弹劾，被指控浪费军饷且未能有效减少叛军人数。嘉庆帝对此极为不满，下令剥夺勒保的职务，并派遣魁伦前往四川调查。尽管勒保在军中有较高的威望，但由于八旗兵的骄纵态度，以及他对军纪的严格要求，导致了诸多非议。最终，勒保因种种原因被判死刑，但由于皇帝念及他过去的功劳，改为监禁。

到了嘉庆五年（1800年），随着叛军再次活跃，清廷不得不重新启用勒保。他再度赴川指挥作战，并在数月之内接连取得胜利，逐渐平定了叛乱。

五、移师川东

嘉庆六年（1801年）正月，勒保率军进入川东地区，继续执行剿匪任务。此时，叛军中的蓝号杨步青在大宁地区遭遇了清军的重创。然而，樊人杰、徐万富与蓝号王士虎、冉天士等叛军则在广元、苍溪一带制造混乱。勒保迅速派遣副都统阿哈保前往支援，并亲自率军赶往南部，与阿哈保合兵一处，成功在嘉陵江附近击杀了徐万富。

二月，蓝号张士龙窜入巴州，勒保派提督七十五将其击毙。接着，勒保亲自指挥部队攻打蓝号陈朝观和白号魏学盛，在巫山与云阳之间将其击溃。随着叛军的不断北窜，勒保率军追至竹山一带。到了六月，叛军再次返回东乡，勒保再次发起攻击，成功擒获青号何子魁，并击毙了蓝号苟文明和鲜俸先。

七月，勒保再次取得战果，成功捕获了徐天寿和王登高。八月，白号高见奇与魏学盛合流，袭击广元，勒保及时拦截，并一路追击至通江。此时，蓝号冉学胜从老林方向赶来加入战斗，勒保趁夜发动攻势，成功抓获冉学胜。清廷为此授予勒保三等男爵位。九月，高见奇和魏学盛分头逃窜至南江及陕西西乡。勒保抵达南江时，得知李彬正在巴州和苍溪一带活动，担心他会越过嘉陵江，急忙赶往。结果，李彬已向东逃至通江，勒保于是转移兵力至大竹，追剿汤思蛟和刘朝选，并最终在太平擒获了刘朝选的同伙萧焜。

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到了冬季，勒保与额勒登保、德楞泰一同上书，认为剿匪大局已基本稳定，建议适当撤军。然而，嘉庆帝认为巨匪尚未完全清除，不应急于求成，因而严厉驳斥了他们的提议。

嘉庆七年（1802年），勒保再次上书提出新的剿匪策略。他认为四川省自实施筑寨练团以来，叛军势力已大大减弱，建议分段驻兵，并率领团练协同作战。他还建议派遣熟悉军事的地方官员负责具体事宜，以实现军力与民力的互补，确保叛军无处藏身。清廷接受了这一建议。

一月，勒保成功在忠州捕获青号何赞。二月，李彬逃窜至南江，被建昌道刘清捕获。三月，张天伦和魏学盛再次在川北活动，勒保派遣总兵田朝贵前去围剿，但效果不佳。勒保随即亲自率领罗思举等人继续追击，并在巴州取得了大捷，张天伦和魏学盛均被击毙。

五月，勒保派遣罗声皋和达斯呼勒岱分别擒获了白号庹向瑶和青号徐天培，总兵田朝贵也在追击蓝号时击毙了杨步青。七月，刘朝选纠集青、蓝、黄号残匪窜至大宁，勒保派出将领迎击，罗思举擒获刘朝选，达斯呼勒岱击毙赖飞陇，因此被晋封为一等男。

十月，罗思举擒获张简，汤思蛟也